药王山碑林是1987年在北山中部集禖宫（娘娘庙）遗址上新建的仿明清建筑，回字形布局，分上下两院，砖木结构，青瓦红柱。
  碑林现藏有北魏至隋唐时期珍贵碑石76通，约占药王山碑石总量的四分之一，也是全国馆藏魏碑最多的碑林，对学习研究古代社会政治、经济、军事、宗教、历史、民俗及文化艺术提供了重要史料，在国内外负有盛名。
      耀州历史文化底蕴深厚，珍藏碑石是文人士大夫的一大爱好。药王山碑石收集于铜川全镜及毗邻的三原、白水、富平、旬邑等县。早在清光绪年间，耀州城东广缘寺埋碑被发现，与县城藏碑合在一起构成了碑林的雏型。
      民国时期耀县民团团长雷天一先生十分喜好碑石收藏，曾组织收集了大量珍贵碑石，并于1936年将县内已有碑石集中立于县城西仓，时称“耀县碑林”。1971年这批碑石迁往药王山收藏。

  药王山碑林以魏碑量大、年代早而闻名，对于研究隋唐以前陕西关中地区宗教史、民族迁移史、汉字演变史及地方风土人情提供了实物佐证，深受史学家、考古学家和金石收藏家们的青睐。《中国大百科全书》中载“佛道造像于一碑多见于陕西耀县”。其中国内最早的佛道合流碑《魏文朗兄弟造像碑》，儒、道、佛三教融合，雕饰奇伟，书法劲健，冠于一世。1924年鲁迅先生在西安讲学时，于“博古堂”古董店选购了三张拓片，其中《张僧妙法师碑》、《吴氏老君造像碑》都是药王山碑林的藏碑。于右任先生多次到药王山访碑，并赋诗为记。他以《姚伯多兄弟造像碑》为帖研习行楷，大受其益。考古学家石璋如先生、石宪邦先生、史学家武伯伦先生等一批大师级人物多次到药王山考察石刻，研究著述，评价甚高。碑林中的隋代《千菩萨碑》更是举世少见，被日本京都大学教授谦田茂雄赞誉为“绝世仅有，举世之瑰宝”。