所谓“清理阶级队伍”，就是把“文化大革命”进程中，以各种名义、各种方式揪出来的所谓地、富、反、坏、右、特务、叛徒、走资派、“漏网右派”、“国民党残渣余孽”……来一次大清查。它实质上是“文化大革命”中一场打击陷害干部、群众的运动。

“文化大革命”开始后，林彪、江青一伙为了清除篡党夺权道路上的障碍，把一大批党的各级领导干部定为“走资派”、“叛徒”、“特务”、“里通外国”而打倒了。他们的被打倒，使我们的国家陷于一片混乱之中。但是，就是在这种情况下，又提出了“清理阶级队伍”的任务，把对领导干部的迫害扩及到了整个干部队伍和广大群众。

1967年11月27日，江青在一次讲话中说：“在整党建党过程中，在整个无产阶级文化大革命的过程中，都要逐渐地清理队伍，有党内，也有党外。党内的，就是要清除叛徒、特务及犯了严重错误死不悔改的人。”这是在“文化大革命”中第一次提出所谓“清理阶级队伍”的问题。

1968年《人民日报》、《解放军报》、《红旗》杂志元旦社论提出，要彻底查清混在革命队伍内部的一小撮叛徒、特务、走资派以及没有改造好的地、富、反、坏、右分子，要充分发动群众，彻底清查，坚决处理。此后，一些单位即开始清理阶级队伍。

5月25日，中共中央、中央文革小组转发了《北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验》，正式提出了“清理阶级队伍”的问题，要求全国各地参照新华印刷厂的经验，“有步骤地有领导地把清理阶级队伍这项工作做好”。随后，“清队”运动在全国逐步展开。各单位相继组织了“专案组”，把审查对象看作敌人，强迫他们学习《敦促杜聿明等投降书》。进行隔离、批斗，大搞逼供信，残酷迫害广大干部和群众，给他们戴上“叛徒”、“特务”、“走资派”、“反革命分子”、“漏划地主、富农分子”等许多不应戴的帽子。

在1968年10月13日至31日召开的中共八届十二中全会上，毛泽东指出：“清理阶级队伍，一是要抓紧，二是要注意政策。”当时，虽然提出要注意政策，但由于仍是在“左”倾思想指导下，并受到派性的严重干扰，政策界限模糊，打击面仍然很宽。

中共第九次全国代表大会以后，“清队”成为所谓“斗、批、改”运动的重要内容。在全国范围内清查“五·一六”反革命阴谋集团，是“清队”涉及的一桩大案。

1970年2月开始的“一打三反”运动，又给清理阶级队伍以新的内容和推动。

1971年，“清队”工作因林彪事件的发生而基本停止。

这次“清队”，由于指导思想的“左”倾，派性的干扰，极“左”思潮的影响，夸大了敌情，混淆了敌我，以及滥用专政手段，大搞逼供信，因此，制造了大批冤假错案，株连和伤害了许多干部和群众，造成了极大的恶果。