1959年4月，中共中央在上海召开工作会议。会上，毛泽东针对一些同志不敢讲真话的问题提出批评，他要求大家学习海瑞(明朝清官)。还在一次会上讲了海瑞的故事，并说尽管海瑞骂皇帝很厉害，但对皇帝还是忠心耿耿的。他说，我们的历史学家们，应该好好研究一下海瑞。会后，负责主管宣传工作的胡乔木，约请明史专家、北京市副市长吴晗为《人民日报》写一些有关海瑞的文章。吴晗欣然同意，很快写出了《海瑞骂皇帝》一文，1959年6月16日发表于《人民日报》，署名刘勉之。

1959年8月，中共中央召开八届八中全会，错误地开展了对彭德怀同志的批判。会上毛泽东提出要区分左派海瑞和右派海瑞的问题。因此，吴晗在同年9月21日《人民日报》上又发表《论海瑞》一文，专门加了反对右倾机会主义的一段话。在此期间，全国一些地方还上演了一批宣传海瑞的戏剧。

1959年下半年的一次政协会议上，著名京剧演员马连良请吴晗为北京京剧团写一出海瑞戏。吴晗答应了。从1959年底到1960年11月，吴晗用了近一年时间，七易其稿，完成了剧本的创作。最初定名为《海瑞》。其间，吴晗的好友、云南植物研究所所长蔡希陶看完剧本后，认为剧本并非写海瑞的一生，而是他的几件事，建议改名为《海瑞罢官》。吴晗接受了这个意见，在写第四稿时，便将《海瑞》改为《海瑞罢官》。这个剧本由北京京剧团经过几次彩排后，于1961年初在北京工人俱乐部正式演出。同年，剧本在《北京文艺》一月号全文刊载。戏演出后，受到观众的欢迎和赞扬。

1962年7月，江青看了《海瑞罢官》后，认为该剧有严重的政治问题，她向毛泽东提出要对该剧进行批判。毛泽东没有接受。事后，江青又出面找到当时中宣部、文化部的四位正副部长(当时正强调“抓意识形态领域中的阶级斗争”)，提出要批判《海瑞罢官》，也遭到拒绝。到了1964年下半年，她又为此找到《人民日报》社的文艺评论家李希凡，要他写文章，李也没有答应。与此同时，江青还勾结康生“劝说”毛泽东。1964年，康生向毛泽东告发说：《海瑞罢官》与庐山会议有关，同彭德怀的问题有关。毛开始不同意，但后来还是被“说服”了。毛泽东接受了康生关于《海瑞罢官》的要害是“罢官”的观点，并批示作为批判的30几个《文学艺术资料》之一。但在北京并无反应。

1965年初，江青跑到上海，在上海市委第一书记柯庆施的支持下，与张春桥、姚文元拍板成交。开始策划炮制批判吴晗的文章。为掩人耳目，他们以上海京剧院为密谋策划的主要据点。然而，张春桥装得好象与姚文元是从听到反映看到了剧本……而自己出来批吴晗的样子。他说“看了剧本、评价文章，读了《海瑞集》，感到问题严重，非评不可”，企图隐瞒江青从中拉线搭桥事先密谋的真相。在江青的指使下姚文元更不惜篡改史实，歪曲剧本，一口咬定《海瑞罢官》的主题是与“退田”有关，从而把《海瑞罢官》与所谓“单干风”、“翻案风”联系起来，进而证明《海瑞罢官》是影射现实，是一种阶级斗争的反映，这样他们就可以很有“理由”地“抓”住把柄了。但是，吴晗同志的《海瑞罢官》写于1959年底到1960年11月，怎么能“影射”1961年的现状呢? 这个显而易见的漏洞，恰好说明他们批吴晗是制造借口另有企图。正是在这种政治企图驱使下，张、姚等人发疯般地向吴晗同志泼出污秽，加紧炮制诬陷文章。1965年8月底，定下初稿。11月10日，在上海《文汇报》上抛出署名姚文元的《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》的第十稿。在整个炮制黑文的过程中从内容到形式都具有阴谋的特点。姚文元九易其稿。每一稿都由张春桥把它夹在《智取威虎山》的录音带内，用飞机送到北京。江青曾经自供说：“批判《海瑞罢官》也是柯庆施同志支持的，张春桥同志、姚文元同志为了这个担了很大风险啊! 还搞了保密。”“保密了七八个月，改了不知多少次。”

在炮制黑文的过程中，他们还约定对周恩来同志封锁消息。江青恶狠狠地说过：“不叫周恩来看”。后来周看到载有这一问题讨论经过的《文汇情况》，张春桥十分惊慌，马上命令《文汇报》改出不编号的《记者简报》，限印12份，直送张春桥，由他控制分发，对周恩来和中央政治局其他同志继续封锁。

黑文把剧中所写的“退田”、“平冤狱”同1961年的“单干风”、“翻案风”联系起来。说什么“退田”、“平冤狱”，就是当时“资产阶级反对无产阶级专政和社会主义革命的斗争焦点”，《海瑞罢官》“是一株大毒草”。诬陷作者是“为帝国主义者和地富反坏右翻案”，是“希望有那么一个代表他们利益的人物出来，同无产阶级专政对抗”等。由于这篇文章断章取义，无限上纲，态度蛮横，一发表就遭到很多人反对。有人打电话，写信给《文汇报》社，也有人写文章公开驳斥姚文元。因为《文汇报》是地方上出版的报纸，新华社也没有播发姚文，同时北京和全国大多数报纸对这篇文章都没有转载。毛泽东对此颇不高兴(以后知道‘姚文’是经他修改后才发表的)，下令上海出小册子，但北京又不订购。此事成了彭真搞“独立王国”的罪证之一。后来北京逐渐了解到了文章的背景，《解放军报》带头转载了姚文，《人民日报》和其它各报也被迫转载。11月30日，《人民日报》在转载姚文时，特地加了一个“编者按”。这个按语是经周恩来修改过的。其中大段引用了毛泽东《在中国共产党全国宣传工作会议上的讲话》，强调贯彻“双百”方针，讨论问题“应采取说理方法，实事求是，以理服人”。但是，江青等炮制姚文的目的，不是作为文化问题，不是限于对一个剧本进行评论，而是针对北京市委、针对中央第一线领导人，作为全局问题提出来的，而且毛泽东支持了对《海瑞罢官》的批判。1965年12月21日，毛泽东在杭州同陈伯达等谈话时说：“《海瑞罢官》的要害问题是‘罢官’。嘉靖皇帝罢了海瑞的官，1959年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是‘海瑞’。”这些话，使对《海瑞罢官》的批判，带上了更为严重的政治色彩。

1966年初，对《海瑞罢官》的批判发展到对史学界、文艺界、哲学界等社会科学领域全面的“揭盖子”，在报刊上发表了一系列批判吴晗以及其他一些同志的文章，在全国范围内把这场批判运动推向高潮，终于引发了“文化大革命”的十年灾难。