第一届全国人民代表大会召开以来，国际国内形势发生了很大变化。在国际上，赫鲁晓夫在苏共20大作的秘密报告全盘否定斯大林，在全世界特别是东欧引起极大震动。另外，还发生了波兰事件、匈牙利事件。在台湾海峡，人民解放军福建前线部队开始向占据金门、马祖岛并不断骚扰大陆沿海地区的国民党军队进行警告性炮击。
 在国内，从反右斗争到庐山会议，重提阶级斗争。经济战线上，“大跃进”的全面发动，大炼钢铁运动，大办农村人民公社的运动中也出现了“左”倾错误。为了总结第一届全国人民代表大会召开以来的工作，研究新的国际国内形势，制定1959年的国民经济发展计划，决定召开第二届全国人民代表大会。
 一、二届一次会议
 第二届全国人民代表大会第一次会议于1959年4月18日至28日在北京举行。
 出席会议的代表1148人。
 在正式会议举行之前，于4月17日举行了二届一次会议的预备会议。
 4月18日，正式会议开始。下午3时，在北京中南海怀仁堂举行了开幕式。毛泽东主席主持了开幕式。
 开幕式后，周恩来总理向大会作了政府工作报告。报告长达3万余言，历时2时35分。
 4月19日至20日分组讨论政府工作报告。
 4月21日下午举行全体会议，听取国务院副总理兼计划委员会主任李富春所作的关于1959年国民经济计划草案的报告，国务院副总理兼财政部长李先念所作的关于1958年国家决算和1959年国家预算草案的报告，人大常委会副委员长兼秘书长彭真所作的关于人大常委会的工作报告。
 22日至25日，进行讨论。
 27日下午，会议以无记名投票的方式进行选举。选举刘少奇为国家主席，宋庆龄、董必武为国家副主席;选举朱德为全国人大常委会委员长，林伯渠、李济深、罗荣桓、沈钧儒、郭沫若、黄炎培、彭真、李维汉、陈叔通、达赖喇嘛·丹增嘉措、赛福鼎、程潜、班禅额尔德尼·却吉坚赞、何香凝、刘伯承、林枫等16人为副委员长，彭真兼秘书长，王昆仑等62人为常务委员;决定周恩来为国务院总理;选举谢觉哉为最高人民法院院长，张鼎丞为最高人民检察院检察长。任命陈云、林彪、彭德怀、邓小平、邓子恢、贺龙、陈毅、乌兰夫、李富春、李先念、聂荣臻、薄一波、谭震林、陆定一、罗瑞卿、习仲勋等16人为国务院副总理，任命习仲勋兼国务院秘书长。同时任命了国务院各部委的负责人。任命彭德怀、林彪、刘伯承、贺龙、陈毅、邓小平、罗荣桓、徐向前、聂荣臻、叶剑英、程潜、张治中、傅作义，卫立煌为国防委员会副主席，任命于学忠等100人为国防委员会委员。
 4月28日，会议通过了关于政府工作报告，1959年国民经济计划、1958年国家决算和1959年国家预算的决议;关于西藏问题的决议;关于撤销司法部，监察部的决议;关于人大常委会工作报告的决议，批准了报告;通过全国人大民族委员会和法律委员会的主任委员、委员人选。
 4日28日下午举行了闭幕式。闭幕式举行前，全体代表同毛泽东主席，刘少奇主席、宋庆龄、董必武副主席、朱德委员长、周恩来总理等一起合影。下午5时45分，朱德委员长宣布第二届全国人民代表大会第一次会议胜利地完成了任务，会议在雷动般的掌声中闭幕。
 二、二届二次会议
 二届人大二次会议于1960年3月30日至4月10日在北京举行。
 参加会议的代表1 072人。
 正式会议举行前，3月29日举行了二届人大二次会议的预备会议。
 3月30日正式会议开始。下午3时二届人大二次会议在人民大会堂隆重开幕。朱德委员长主持开幕式。开幕式后，国务院副总理兼国家计划委员会主任李富春向大会作了关于1960年国民经济计划草案的报告，国务院副总理兼财政部长李先念作了关于1959年国家决算和1960年国家预算草案的报告。会议还听取了全国人大常委会的工作报告，通过了代表资格审查委员会关于补选的代表资格的审查报告。
 3月31日至4月6日上午进行了分组或大会讨论。
 4月6日下午，中共中央书记处书记、国务院副总理谭震林向大会作了为提前实现全国农业发展纲要而奋斗的报告。
 4月7日，继续进行讨论，到10日下午讨论结束。在这次会议的大会上共有464位代表和50位列席人员发了言。
 4月10日下午，结束大会讨论之后，通过了关于1960年国民经济计划、1959年和1960年国家预算的决议，批准了李富春、李先念向大会所作的报告;关于为提前实现全国农业发展纲要而奋斗的决议，批准了谭震林向大会作的报告;通过关于人大常委会工作报告的决议，批准了人大常委会的工作报告。接着举行了闭幕式。
 4月10日下午6时，彭真副委员长宣布大会胜利闭幕。
 三、二届三次会议
 于1962年3月27日至4月16日在北京举行。
 正式会议之前，3月22日举行了预备会议。
 3月27日会议正式开始，听取了国务院总理周恩来作的政府工作报告。报告分二个部分：第一部分是国际形势和我国对外政策，第二部分是国内形势和我们的任务。
 会议从3月29日起，就政府工作报告进行分组讨论。4月10日至16日举行大会讨论，在会上发言的代表有164位。
 4月16日下午，全体会议通过了关于政府工作报告的决议;批准了全国人大常委会的工作报告;批准了预算委员会的审查报告，通过了提案审查委员会的提案审查意见和代表资格审查委员会关于补选的代表资格审查报告。
 会议期间，外交部向大会分发了中国政府和印度政府从1961年12月到1962年3月交换的22件照会，以及1960年12月中、印两国官员关于边界问题的报告。
 16日下午5时30分，朱德委员长宣布二届人大三次会议胜利闭幕。
 四、二届四次会议
 于1963年11月17日至12月3日在北京举行。
 出席这次会议的代表1 012人。
 会议先后听取了国务院副总理兼国家计划委员会主任李富春作的关于1963年国民经济计划执行情况和1964年国民经济计划草案的报告;国务院副总理兼财政部长李先念所作的关于1963年国家预算草案和预算执行情况，1964年国家预算初步安排的报告;人大常委会的工作报告，以及人大常委会副委员长兼秘书长彭真作的关于第三届全国人大代表名额和选举问题的说明。
 会议讨论了当前的国际国内形势，审查了政府的两个报告，讨论了三届人大代表名额和选举问题。在全体会议上发言的有248位代表。
 周恩来总理在12月2日的会议上，就当前国内外的形势和任务作了讲话，并解答了代表们在讨论中提出的问题。
 12月3日下午，会议通过决议，批准1963年国民经济计划和1963年国家预算，批准1964年国民经济计划和1964年国家预算的初步安排。
 会议还批准了全国人大常委会的工作报告，通过预算委员会关于国家预算的审查报告，通过了提案审查委员会的提案审查意见。
 会议还通过了关于第三届会国人大代表名额和选举问题的决议，并批准了彭真所作的关于选举问题的说明。决定三届全国人大代表的名额将比二届代表的名额扩大一倍多。