1959年3月10日，西藏地方政府和上层反动集团，公然撕毁关于和平解放西藏办法的“十七条协议”，发动了以拉萨为中心的全区性武装叛乱。

1951年，中华人民共和国中央人民政府和西藏地方政府签订了和平解放西藏的十七条协议。协议的主要内容是：西藏人民团结起来，驱逐帝国主义侵略势力出西藏，西藏人民回到中华人民共和国大家庭中来;西藏地方政府积极协助人民解放军进入西藏，西藏军队逐步改编为人民解放军;在中央人民政府统一领导下，西藏人民有实行民族区域自治的权利;西藏的现行政治制度，中央不予变更，达赖喇嘛和班禅额尔德尼的固有地位及职权应予维持，各级僧俗官员照常供职;尊重西藏地区的宗教活动和当地人民的习俗;西藏地方政府自动进行民主改革。西藏和平解放以后，中共中央驻西藏工作委员会和人民解放军驻西藏部队，遵照十七条协议，在入藏的8年多时间里，一直采取放慢民主改革的步骤和耐心等待的方针，坚决执行党的民族政策和宗教政策，受到广大西藏人民包括爱国进步的中上层人士的衷心拥护和热情欢迎。但是，西藏地方政府中的多数噶伦(即委员)与上层反动集团，却不顾中央的耐心等待和再三教育，长期坚持分裂祖国、维护农奴制度的反动立场，反对藏军改编，以致图谋叛乱。1956年4月，中央人民政府根据中华人民共和国宪法，决定在西藏地方实行区域自治，成立了以达赖喇嘛为首的西藏自治区筹备委员会。但遭到了西藏地方政府的百般阻挠，致使自治区筹备委员会很难开展工作。为了缓和矛盾，等待把持西藏大权的一些反动分子觉悟，1956年底，中央向西藏地方政府宣布在1962年以前可以不进行民主改革。1958年5、6月间，一些叛乱分子在西藏的昌都、丁青、黑河、山南等地区扰乱，破坏交通、劫掠财物、奸淫烧杀、袭击中央驻当地的机关、部队。中央政府本着民族团结精神，没有指令解放军驻藏部队进行反击，而是责成西藏地方政府惩办叛乱分子，维护社会治安。然而，西藏地方政府和上层反动集团，却无视中央的宽容态度和等待方针，妄图制造西藏独立，终于在1959年3月，发动了武装叛乱。

3月10日，达赖喇嘛原定到人民解放军西藏军区礼堂看戏。届时，西藏叛乱集团大肆散布谣言，说西藏军区部队要扣留达赖喇嘛，并以此为借口，发动武装叛乱，劫持达赖喇嘛，提出“赶走汉人”、“西藏独立”等口号，当场打死反对叛乱的西藏自治区筹备委员会藏族官员堪穷孛朗降措，打伤西藏军区副司令员桑颇才旺仁僧等人。叛乱武装还包围了人民解放军西藏军区司令部和中央驻在拉萨的机关。3月17日，反动分子携达赖喇嘛离开了拉萨，决心进一步扩大叛乱。3月19日，叛乱集团向驻拉萨的人民解放军发动全面进攻。

为了维护祖国统一和民族团结，彻底解放西藏劳动人民，人民解放军驻藏部队奉命于3月20日开始对叛乱集团进行讨伐。在当地爱国僧俗人民的协助下，迅速平息了拉萨市区的叛乱。到3月23日，俘获叛军4 000多名，缴获各种枪支8 000多支，轻重机枪81挺，八一迫击炮27门，山炮6门，子弹14万发。

平定拉萨叛乱之后，4月8日，人民解放军平叛部队兵分三路渡过雅鲁藏布江，对喘息未定的叛军展开扫荡，经过20多天的战斗，解放军先后攻克了雅鲁藏布江以南、江孜以东、喜马拉雅山以北、则拉宗以西的广大地区，毙伤俘叛军2 000多人，摧毁了叛军在山南地区的指挥中心，控制了山南地区和喜马拉雅山北部所有边境要关。在人民解放军平叛部队的大力追剿围歼下，到11月，叛乱集团的主要力量被歼灭，武装叛乱基本平息。人民解放军进驻西藏边防。随后，人民解放军即转入对流窜在各地的小股叛乱武装进行搜剿。至1962年3月，平叛作战胜利结束。达赖喇嘛率其少数叛乱分子逃往印度。

在西藏地方政府和上层反动集团发动武装叛乱后，国务院于3月28日命令解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，决定由自治区筹备委员会副主任班禅额尔德尼·却吉坚赞代理主任委员职务，任命委员帕巴拉·卓烈朗杰、阿沛·阿旺晋美为副主任委员。随着叛乱的平息、和平秩序的建立，在平叛过程中实行的军管制度逐步由自治制度代替。

1959年4月，第二届全国人民代表大会第一次会议专门讨论了西藏问题，通过了《关于西藏问题决议》。《决议》同意国务院对于平息西藏叛乱所采取的各项措施。决议申明，“西藏是中国的不可分割的一部分”，平定西藏叛乱，“完全是中国的内政，不容许任何外国人干涉”。决议指出：“在西藏地区，贯彻地实行在中央人民政府统一领导下的，由广大人民和各界爱国人士当家做主的民族区域自治，贯彻地实行在中央人民政府统一领导下的民主改革，并且依靠各族人民兄弟般的团结和互助，建设繁荣昌盛的社会主义新西藏，这是中华人民共和国的坚定不移的方针。”

人民解放军平定西藏叛乱的胜利，粉碎了西藏上层反动集团分裂祖国和使西藏倒退的梦想，沉重地打击了帝国主义和外国扩张主义者妄图搞“西藏独立”的阴谋，加强了祖国统一和民族团结，进一步巩固了中国的西南国防，维护了中国领土主权的完整，同时，扫除了西藏民主改革的障碍，百万被压迫的农奴获得了新生。

1965年9月，西藏自治区首届人民代表大会在拉萨召开。大会宣布西藏自治区正式成立。阿沛·阿旺晋美当选为自治区主席。西藏自治区的正式成立，标志着西藏人民自己谱写的历史翻开了新的一页。