随着生产资料私有制社会主义改造和社会主义建设的大规模开展，混入党内和国家机关、人民团体中的暗藏的反革命分子，加紧了他们的破坏活动。他们与社会上的不法分子内外勾结，千方百计地偷窃党和国家的机密，向帝国主义、国民党提供军事、政治、经济情报;散布谣言，煽动群众，制造纠纷。或者直接进行纵火、爆破、暗杀、暴动等破坏活动，企图把整个社会秩序搞乱，从而破坏社会主义建设。1954年仅经济企业系统发生的反革命破坏事故就达340多起。农村反革命分子纵火烧粮仓、森林和农业生产合作社的财产，进行凶杀和暗害的案件为数很多。仅1954年全国就发生凶杀暗害案件达6 300多起，死伤干部、群众多达8 300余人。安徽、湖北、浙江、广东、四川等13个省还发生8起反革命暴乱和19起骚乱事件。暗藏反革命分子的破坏活动给社会主义事业造成极大的危害。为了保障人民民主专政制度的巩固，保卫社会主义建设和社会主义改造事业的顺利进行，必须开展一次肃清暗藏反革命分子的斗争。

1955年3月，毛泽东在中共全国代表会议上提出：“国内反革命残余势力的活动还很猖獗，我们必须有计划地、有分析地、实事求是地再给他们严厉打击，使暗藏的反革命力量更大地削弱下来，借以保证我国社会主义建设事业的安全。”5月14日，中共中央发出《关于全党必须更加提高警惕性，加强同反革命分子和各种犯罪分子进行斗争的指示》。《指示》分析了国内外阶级斗争形势，号召全党和全体人民，加强同反革命分子和各种犯罪分子作斗争。7月1日，中央又发出《关于展开对暗藏的反革命分子清查和打击的指示》。阐述了肃反斗争的必要性和目的，批判了党内的右倾思想，对运动的开展作了具体部署。于是从1955年下半年起，肃反运动在全国开展起来。

这场运动主要从两个方面进行，一是社会镇反，主要打击公开的敌人。人民政府逮捕了一批进行现行反革命破坏活动或有严重罪恶、拒不投案自首的反革命分子，挖出了许多隐藏很深、久捕未获的大犯、要犯，侦破了一大批反革命案件。二是党政机关内部肃反，主要是查清、打击钻进革命队伍的敌人。党政机关内部的肃反分四批进行。第一批主要在中央和省市两级的党政军的领导机关中进行;第二批主要是在县区两级机关干部和厂矿、基建单位的职工及中小学教职员中进行，军队中主要在特种兵部队和步兵营连分队等部门进行;第三批主要在县区的附属单位、小学教员以及一些分散的小型厂矿、基建企业中进行;第四批在街道居民中进行。

在肃反运动中，党和国家制定“提高警惕，肃清一切特务分子，防止偏差，不要冤枉一个好人”的总方针。实行惩办与宽大结合，“首恶必办，胁从不问;坦白从宽，抗拒从严;立功赎罪，立大功受奖”的政策。在肃反中，党一再指出：我们现在的党政军民各机关、团体、厂矿、学校、部队、合作社中，所有人员，包括起义人员、留用人员在内，绝大多数的人，即占百分之九十几的都是好人，只有百分之几是暗藏的反革命分子或其它坏分子。为了准确地打击敌人，而又不冤枉好人，党中央提出在具体政策上要严格区分反革命问题和政治历史问题，政治问题和思想问题，反革命破坏和工作过失，反动言论和落后言论、反革命集团和落后小集团的界线，强调调查研究、实事求是，坚持“有反必肃，有错必究”的原则，对清查的对象及时进行复查。这样，使肃反运动得以健康发展。各单位通过准备、小组斗争、专案小组工作和甄别定案、复查五个阶段，对全国3 000多万供薪人员进行了清查。

经过一年多的时间，全国共查出10万多名反革命分子，其中混入党内的有5 000多名，混入青年团内的有3 000多名，钻入中央、国家机关的220多名，查出了3 600多名美蒋潜伏和派遣进来的现行特务分子。破获了一批重大的长期没有查清的疑难案件、政治破坏事故。同时查清了177万多人的历史问题，作出了结论，使许多人放下了包袱。

肃反运动的胜利，纯洁了革命队伍，教育了人民，打击了敌人，巩固了人民民主专政，为社会主义事业的顺利发展，提供了安全保证。但由于肃反工作的特殊性和复杂性，运动中发生过斗争面过宽的现象，造成了一些冤假错案，遗留了不少后遗症，如“胡风反革命集团案”、“潘汉年、扬帆反革命案”等。