新中国成立后，中国人民不仅面临着旧中国留下的经济凋敝、科学衰落、文化荒芜的局面，而且传染性和地方性疾病也正广泛流行。特别是从1952年1月下旬开始，美帝国主义猖狂地进行细菌战，连续在朝鲜及我国东北和青岛等地投掷苍蝇、蚊虫、蜘蛛、蚂蚁、臭虫、跳蚤、蟋蟀、蜻蜓、蜈蚣、蝗虫等带菌昆虫30多种，还投有老鼠、青蛙、烂鱼等媒介物。投掷面积遍布我国东北3省的34个县、市。经检验部门检验证实，投掷物带有鼠疫、霍乱、脑膜炎、副伤寒、回归热、斑疹伤寒等多种病原体，敌人企图以这种方法造成广泛的瘟疫流行，削弱我们的战斗力和国力。面对美帝国主义的恶毒阴谋，中共中央发出号令：反对美帝细菌战，进行灭虫、消毒的防疫运动。毛泽东发出“动员起来，讲究卫生，减少疾病，提高健康水平，粉碎敌人的细菌战争”的号召。政务院于1952年3月14日召开会议，决定成立以周恩来、郭沫若、聂荣臻为正、副主任委员的中央防疫委员会，领导和组织反对细菌战的工作。各地人民政府都成立了防疫委员会，发动群众订立防疫公约，在全国城乡广泛开展了一个以消灭病媒虫兽为主要内容的防疫卫生运动。由于这个运动的直接目的是反对美帝国主义的细菌战争，是保卫祖国的一项政治任务，是在强烈的爱国主义思想指导下进行的，中央就把这个运动定名为爱国卫生运动。这是世界卫生史上前所未有的卫生运动，它极大地促进了全中国个人卫生和社会卫生的发展，象昔日杂草丛生、臭水横溢、蚊蝇麋集的北京龙须沟等地都旧貌换新颜，受到国际科学委员会的好评。这次运动也初步创出了中国式的卫生工作方法，即在中国这样人口众多、经济贫困、卫生文化落后的大国，找到了一条迅速改变卫生落后面貌和预防疾病的有效方法。中央人民政府于1952年12月21日作出决定，把爱国卫生运动作为我国人民卫生事业的重要组成部分，并将各级防疫委员会改称为爱国卫生运动委员会，统归各级人民政府直接领导。从此，爱国卫生运动逐渐转为经常性的工作。

从1955年至1965年，爱国卫生运动以配合《全国农业发展纲要草案》的实施，以改善农村卫生状况，保护劳动力为主要任务，以除“四害”、讲卫生、消灭疾病为主要内容。1957年中共八届三中全会还对除“四害”、讲卫生、消灭疾病运动进行了讨论。同年11月，中央爱国卫生运动委员会和卫生部专门召开了15个省市爱国卫生运动经验交流大会，为全面深入地推进这个运动作了思想上和组织上的准备。1958年1月8日，中共中央发布了关于开展以除“四害”为中心内容的爱国卫生运动的通知，5月，在中共八大二次会议的工作报告中又把除“四害”讲卫生，提倡体育，消灭主要疾病，破除迷信，移风易俗，振奋民族精神等作为向全国提出的文化和技术革命的重要内容。这些决定和指示，使全国城乡掀起了以除害灭病为中心的爱国卫生运动，象重庆市灭鼠、安定市灭蚊以及南方各省的消灭钉螺，参加人数之多，取得成果之大，都是空前的。爱国卫生运动的广泛开展，使全国城乡，特别是重病区群众的发病率大大下降。但在1958年的大跃进中，受高指标、浮夸风的影响，也发生了一些脱离实际、命令主义、形式主义的偏差。1959年后，中央对爱国卫生运动进行了大规模调查，发现并树立了广东省佛山市、山西省稷山县两个卫生先进典型。1960年底爱国卫生运动开始低落，一直到60年代后期，周恩来总理多次指示要继续开展爱国卫生运动，主要在农村抓两管五改：管理粪便、管理饮用水源、改良厕所、改良畜圈、改良水井、改良环境和改良炉灶，并于1974年在安徽省界首、广东省电白等地举办了“两管五改”学习班，使爱国卫生运动与生产建设相结合，治标与治本相结合。

1978年4月，中共中央决定恢复爱国卫生运动委员会的组织机构，李先念为中央爱国卫生运动委员会主任委员，再次掀起了爱国卫生运动的高潮，许多城市初步改变了脏、乱、臭的不卫生状况，农村继续大搞“两管五改”。1979年夏秋季，全国范围内对爱国卫生运动进行了再次普遍检查，中央爱卫会主任陈慕华亲自参加了北京市的检查，为提高爱国卫生运动的科学性，并逐步向制度化、规范化、标准化和经常化迈步，1980年2月中央爱卫会全面研究和审定了新时期爱国卫生运动的任务和活动方法。1981年2月中央爱卫会等八大群众团体联合倡议全国人民开展“五讲四美”文明礼貌活动。从此，把爱国卫生运动列为社会主义精神文明建设的重要组成部分。中央书记处又作出每年3月为“文明礼貌月”活动的决定，重点解决“脏、乱、差”问题。此后，又确定了“周末卫生日”制度，公共场所“卫生许可证”制度等。1989年3月7日《国务院关于加强爱国卫生工作的决定》中再次强调了爱国卫生工作的基本方针和方法，指出在社会主义初级阶段必须牢固树立社会主义大卫生观念，围绕“2000年人人享有卫生保健”的战略目标开展活动，把爱国卫生工作深入持久地开展下去，进一步提高群众的健康意识和健康水平。