在全国大陆即将全部解放时，国民党在败逃前夕有计划地潜留了大批部队和土匪武装，妄图同新中国进行长期斗争。他们同潜伏下来的特务、反动党团骨干、反动会道门、恶霸地主等势力相勾结，与人民政权为敌，流窜于西北、西南、中南、华东、华北等边远僻壤。这些土匪的构成，一是国民党军队的溃兵和有计划留置下来的部队;二是惯匪;三是国民党部队收罗的亡命徒和地痞流氓;四是特务利用封建团体和封建会道门，胁迫欺骗入会的农民。他们的特点是：以国民党特务、反动军官为领导，以国民党残余武装、散兵游勇和惯匪为骨干，以地主恶霸、封建势力、帮会团体为社会基础，以一部分被胁迫、受蒙蔽的落后群众作掩护。这些土匪打家劫舍，剪径商旅，破坏工农业生产和城乡交通，绑架杀害人民解放军外出人员，进行反革命骚乱，甚至组织武装暴乱，妄图颠覆新生的人民政权，严重危害着人民和国家安全。

建国初期的匪患，在西南地区尤为严重，有土匪90余万。西南解放后，地处边界的一些县城仍被土匪所控制，土匪公然架设电台与台湾直接联系。此外，受胡宗南指挥的豫西土匪程之秀，在白崇禧策划下发展起来的“鄂豫皖边人民反共自卫军”活动猖獗，竟妄图开辟“中原战场”;华东地区的850多股土匪，还在短时间内窃据了9个县城。新解放区的匪患，严重危害着社会秩序，破坏了新中国的革命和建设。

中共中央明确指出：肃清反动派的残余与恢复、发展人民经济事业，是新中国成立后的两个不可分割、互相促进的中心任务。按照中共中央和中央军委的部署，人民解放军从1950年至1953年和地方武装、民兵协同作战，在广大群众密切配合下，结合民主改革、减租退押、镇反清霸、抗美援朝等中心工作，在5个大行政区的22个省内，进行了大规模的剿匪作战。各剿匪部队在当地党委统一领导下，贯彻执行了军事清剿与政治争取相结合、镇压与宽大相结合、“首恶必办、胁从不问、立功受奖”的方针政策。经过重点进剿、分区进剿，结合土改进行清剿潜散匪特三个阶段，对国民党残余特务、土匪及其他反动武装进行了长期清剿。部队还同时担负了工作队的任务，宣传、组织群众，协助地方建立民主政权和革命秩序，恢复发展生产，并参加了土地改革。

西北地区：1950年初至1951年3月，先后歼灭了临夏地区马保等三股大匪，青海地区的马老五股匪，宁夏地区的马绍武股匪，并在海子地区活捉新疆匪首、美国武装间谍乌斯满(1951年4月29日被处决)。共歼匪特7.2万多人。

西南地区：解放军以一部准备进军西藏外，将其余部队分散，分区包干，担负城市接管、开辟农村工作和剿匪任务。1950年2月初，中共中央西南局第一次全体会议决定，首先歼灭腹心富庶之地的匪徒，净化四川腹地，再推展至边远贫瘠山区，以保证征粮和春耕生产的顺利进行。3月开始，各部队组织若干机动兵力，进行了一系列重点清剿，在近一年半的时间内，共歼匪特100余万人。

中南地区匪特活动猖獗，人民解放军用12个军、50个师和大批地方武装部队展开大规模剿匪作战，活捉坚持反共20年之久的匪首“豫章山区绥靖司令”黄镇中及井冈山匪首肖家璧;生擒匪首、军统局特务交警东南办事处主任王春晕、副主任张葆琛，匪湖南纵队司令谢声溢等，共歼灭国民党匪特武装115万人，全部肃清中南残匪。

华东地区剿匪从山东开始，对鲁中南、胶东区、渤海区进行重点清剿;对匪特活动较严重的皖北区实行包围进击;对闽浙赣区气焰嚣张之匪区全力围剿。经过两年奋战，华东匪患平息，同时还清剿了海匪，共歼匪特23万余人。

华北地区、绥远、察哈尔及平原三省部分地区，因解放较晚，多是以国民党残余部队为基础的大股土匪，天津、北京、太原附近多为小股土匪，共3万余人。华北全区党政军民一致努力，共歼匪特2.9万多人，毙、伤、俘匪首100多人，缴获大量军械武器和军用物资。

经过1950年至1953年长期剿匪作战，取得了歼灭匪特武装240万余人的重大胜利。

在清剿匪特的同时，中国共产党和人民政府在城市中发动和依靠群众，开展了搜捕特务和登记反动党团分子的工作。在部分地区进行取缔反动会道门的工作。1951年3月23日，内务部公布了《社会团体登记暂时办法施行细则》。7月至12月，天津、上海、南京、太原、石家庄、长沙、重庆等市军管会相继颁发布告和发布命令，取缔帝国主义操纵的以宗教外衣为掩护的国际性秘密反动组织“圣母军”，并将抗拒登记、积极进行破坏活动的首要分子逮捕。在中共的政治争取下，残余匪特、反动会道门成员和流散的国民党官兵纷纷向人民政府登记自首。

剿匪反霸斗争，清除了中国历史上为害很久的匪害，保卫了革命胜利果实，巩固和加强了新生的革命政权，安定了社会秩序，对国民党经济的恢复和发展生产，具有重要的意义。